Upravni odbor Uprave za neizravno oporezivanje utemeljen je Zakonom o sistemu neizravnog oporezivanja u Bosni i Hercegovini (Službeni glasnik BiH, br.44/03). Upravni odbor se sastoji od šest članova.

Članovi odbora su, po funkciji, ministri financija Bosne i Hercegovine i entiteta, Federacije Bosne i Hercegovine i Republike Srpske, i tri eksperta za oblast neizravnog oporezivanja. U prijelaznom razdoblju od četiri godine Vijeće ministara imenuje predsjedavajućeg Odbora kao dodatnog (sedmog) člana Odbora. Upravni odbor je nadležan za utvrđivanje prijedloga politike o neizravnom oporezivanju na teritoriju Bosne i Hercegovine.